Klub byl založen roku 27. února 1900. První úspěch přišel v roce 1910, kdy Bayern vyhrál titul "Východního okrsku". Příští sezónu neznal přemožitele a titul obhájil. Bayern se rozvíjel a rozrůstal velmi rychle, až se dostal na úctyhodné číslo 700 členů kádru a stal se tak největším týmem v Mnichově. První celonárodní titul FCB získal v sezóně 1931/1932.

Bayern se vypracoval v jeden z nejlepších a nejsilnějších klubů v Německu. Vše se však bohužel změnilo s nástupem Hitlera a nacistů. Vzhledem k židovskému zázemí klubu byl Bayern velmi diskriminován. Pod tímto režimem se FCB propadl až na 81. místo v hodnocení týmů. V roce 1944, při bombardování Mnichova, bylo zničeno zázemí klubu. Tehdejší prezident Kurt Laundauer, který byl židovského původu, byl nucen utéct do exilu v roce 1938. Zpět do Německa a do bývalé funkce se vrátil až po konci války. Za zmínku také stojí tehdejší kapitán týmu, Conny Heidkamp, který se v té době snažil udržet tým pohromadě. Dokonce se svojí ženou zachránili vyhrané trofeje před odcizením nebo zničením.

FCB je první německý klub, kterému se podařilo vyhrát "treble". Podařilo se mu to v sezóně 2012/2013, kdy vyhrál Bundesligu, DFB-Pokal a Ligu Mistrů. Za poslední dekádu Bayern v Německu jasně dominuje.

Jedinou českou stopu v týmu zanechali David Jarolím a Ladislav Jirásek.

Mezi největší a nejlepší hráče klubu zařadíme jména jako: Franz Beckenbauer, Gerd Müller, Sepp Maier, Uli Hoeneß, Lothar Matthäus, Paul Breitner, Oliver Kahn, Phillip Lahm, Manuel Neuer, Arjen Robben, Frank Ribéry, Robert Lewandowski, Bastian Schweinsteiger a další.