Olympique Lyon byl založen 3. srpna 1950. Řadí se tak k relativně "novým" týmům, jelikož většina klubů vznikla na přelomu 19. a 20. století, kdy fotbal, jako tehdy nová hra, zažíval celosvětový "boom".

Do sezóny 2001/2002 byl Lyon spíše průměrným týmem. Do té doby se Lyonu podařilo získat 3x Francouzský fotbalový pohár, Francouzský ligový pohár, Francouzský Superpohár a Pohár Intertoto, který je stále jedinou mezinárodní získanou trofejí.

Roku 2002 získal Lyon svůj první titul pro mistra ligy a nastala jeho nejúspěšnější éra. Podařilo se mu totiž získat titul 7x za sebou, což je dodnes rekord ve francouzské lize. O té doby se Lyon pohybuje na předních příčkách, ale nedaří se mu překonat dominanci, kterou v lize nastolilo PSG. V této vítězné éře tým vedli hráči jako Juninho, Sonny Anderson, Edmílson, Grégory Coupet, Eric Abidal, Michael Essien, Florent Maluda, Karim Benzema nebo Hatem Ben Arfa. Podařilo se jim s Lyonem získat 7x ligový titul, Francouzský fotbalový pohár a 6x Francouzský Superpohár.

Za zmínku také stojí ženský fotbalový tým, který je považován za nejlepší ženský tým na světě. V lize dominuje s neuvěřitelnými 13 tituly v řadě. V Lize Mistryň UEFA se hráčkám Lyonu podařilo tuto soutěž vyhrát 6x, což se zatím žádnému jinému týmu nepodařilo.